สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาแม่ฮ่องสอน เขต 2 มีภารกิจหลักในการบริหารและจัดการศึกษาขั้นพื้นฐานในพื้นที่รับผิดชอบ โดยส่งเสริม สนับสนุน กำกับ ติดตาม และประสานงานกับสถานศึกษา เพื่อให้เด็กและเยาวชนได้รับการศึกษาอย่างทั่วถึง มีคุณภาพ และลดความเหลื่อมล้ำทางการศึกษา รวมทั้งดำเนินงานตามนโยบายของกระทรวงศึกษาธิการและสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน ตลอดจนส่งเสริมการพัฒนาคุณภาพครู บุคลากรทางการศึกษา และสถานศึกษาให้สามารถจัดการเรียนรู้ได้อย่างมีประสิทธิภาพ